Windows Server 2008 Standard (x64)ですが、ActiveDirectoryもインストールできて、クライアントからドメインに参加できるようになり、ファイルサーバとしてはほぼ以前の環境に戻りました。

特に問題なく動作しているアプリケーション
・FV6 ver6.46
・cpuz ver1.47
・hdtune ver2.55

いまのところ動作しないアプリケーション
・ASUS Probe2 Ver1.04.53 ---インストールはできたが、データが表示されない(未対応のようです)
・Function大魔王(Luncher) ---16bitアプリケーションのため実行不可

あとIISがVer7になって、IISマネージャーの設定方法がいまいち分からず、Perlはインストールできましたが、cgiが動作しない状況です。

ということで、RAID5ボリュームのフォーマットだけは避けられて何よりでした。
　なお、Windows Server 2008 Standardの60日間（最大240日まで延長可）評価版は、こちらからダウンロード（無償）できます。